سردار اسحاق خان قرایی پس از اینکه قدرت را از نجفقلی خان امیر قرا تاتار گرفت و او را به قتل رساند، جای او را می گیرد و حاکم بر منطقه تربت و ملوک اطراف می شود. شروع به مرمت و بازسازی قلعه تربت که در اثر حملات ازبک ها، ترکمن ها و افغان ها ویران شده بود، می نماید و به همت او تربت حیدریه از نو ساخته می شود. اواخر دهه قرن دوازدهم حدود سال های 1190 هـ .ق و اوایل قرن سیزدهم حدود سال 1211 هـ .ق اقدام بزرگ این مرد در نوسازی و آبادانی تربت حیدریه صورت می پذیرد. برج و باروری عظیمی بر قلعه ی تربت حیدریه بنا می کند که بعدها به "برج و بهری" اسحاق خان خوانده شد و معروف گردید. در همان دوران اقدام به ساختن حوض انبار، مسجد، حمام و بازار سرپوشیده و راسته بازار می نماید. حدود و حصار شهر را مشخص می کند و به سامان دهی اوضاع شهر می پردازد. و در آن زمان است که از خانواده قاضی می خواهد که از هرات به تربت هجرت کنند.